Bevor der Handel mit einer Tier- oder Pflanzenart durch CITES reguliert wird, finden in der Regel umfangreiche Untersuchungen statt, ob die betreffende Art die Kriterien für die Aufnahme in einen der Anhänge von CITES erfüllt oder nicht.

Die Anträge auf Aufnahme in einen der Anhänge werden von den nationalen wissenschaftlichen CITES-Behörden gestellt. Nichtregierungsorganisationen können keine Anträge stellen.  Die Anträge werden auf den Vertragsstaatenkonferenzen (CoPs) diskutiert. Durch dortige Abstimmung der  Vertragsstaaten werden diese anschließend angenommen oder abgelehnt beziehungsweise zurückgestellt. 

Jeder Vertragsstaat hat eine wissenschaftliche CITES-Behörde. In Deutschland ist dies das Bundesamt für Naturschutz (BfN).