Der Unterschied macht sich vor allem beim kommerziellen Handel von Fernambuk-Bögen bemerkbar:

Bei einer Listung des Fernambuks in Anhang I wäre für jede kommerzielle Nutzung eine EU-Bescheinigung zur Ausnahme vom Vermarktungsverbot erforderlich, die bei der zuständigen Landesbehörde beantragt werden muss.

Eine EU-Bescheinigung zur Ausnahme vom Vermarktungsverbot ist bei einer Anhang II-Listung nicht erforderlich (unabhängig von einer vorhandenen oder nicht vorhandenen Annotation).
Allerdings werden CITES-Ein- und Ausfuhrdokumente für einen Handel und Verkauf von außerhalb der EU in die EU oder von der EU in ein Land außerhalb der EU notwendig, sollten fertige Bögen zukünftig nicht mehr durch eine Annotation ausgenommen sein (derzeitig aufgrund der Annotation #10 nur für Erstausfuhr aus Brasilien notwendig). Diese Ein- und Ausfuhrdokumente sind nicht mit einer Ausnahme vom Vermarktungsverbot gleichzusetzen. 

Keinen Unterschied machen die verschiedenen Listungen beim Reisen: Musiker*innen werden fürs Reisen eine Musikinstrumentenbescheinigung benötigen, sowohl bei einer Listung in Anhang I, wie auch bei einer Listung in Anhang II, FALLS es zukünftig keine entsprechende Annotation mehr geben sollte.

Den entscheidenden Unterschied  macht zur Zeit die  Annotation #10 (Ausnahmeregelung) im Anhang II aus. Sollte es zu einer Hochstufung des Pau Brasil in Anhang I kommen, kann es keine Ausnahmeregelungen mehr geben.  Die CITES-Regularien erlauben  keine Ausnahmeregelungen für in Anhang I gelistete Arten. 

Quelle: BfN, CITES